左宗棠在同治三年十月底，交卸了兼署浙江巡抚的职司，在杭州全城文武官员，鸣炮恭送之下，启程入闽督师。

在此以前，援闽之师分三路出发。西路以帮办福建军务的浙江按察使刘典所部新军八千人为主力，会同记名按察使王德榜的两千五百人，由江西建昌入汀州，中路记名提督黄少春，副将刘明灯两部共四千六百人，由浙江衢州，经福建浦城、建宁入延平，东路由署理浙江提督高连升会同候补知府魏光邴，领兵四千五百人，过钱塘江由宁波乘轮船，循海道至福州登陆。

这三路军队的目标都是闽南——李世贤踞厦门之西的漳州，丁太洋在福建、广东、江西三省交界的武平，而汪海洋则在闽南的东西之间流窜。左宗棠的打算是，决不能让他们出海，由北、西、东三面收紧，压迫敌人南窜。

福建之南就是广东。两广总督毛鸿宾与广东巡抚郭嵩焘，见此光景，心知不妙。左宗棠如果驱贼入粤，则援闽之师，随贼而至，会形成长毛与“友军”交困的窘境，所以非常着急。

可是由两员副将方耀、卓兴而率领的粤军，不过八千之众，福建延建邵道康国器，虽是广东人，新统一军，亦多粤籍，却不能算粤军，因为是左宗棠的部下，并不听命于广东大吏。毛鸿宾与郭嵩焘迫不得已，一面派方耀、卓兴入闽会剿，明阻长毛，暗挡左宗棠，一面打算奏请起用守镇江的名将冯子材督办东江军务，自求振作。

当援闽之师未到以前，福建陆路提督林文察已与李世贤接过仗。林文察是台湾彰化人，咸丰八年以助饷剿淡水的土匪，授职游击，做了武官，他所统率的台勇擅用火器，剽悍善战，助林文察当到总兵，获得“巴图鲁”的名号。王有龄被困杭州时，曾奉命援浙，而阻于衢州，以后归左宗棠节制，很立了些战功，补实为福建福宁镇总兵，不久擢升为福建陆路提督，随即提兵回台，在他家乡平乱。

乱党的首领，是原籍漳州龙溪的戴潮春，他是中国历史上阴魂不散的老牌乱党白莲教的余孽。在彰化名义上办团练，实际上与长毛是勾通的。

咸同之交，浙江沦陷，在福建的官军，多调闽北浙南，戴潮春认为是起事的好机会，三月间由其党羽林戆晟在大墩起事，五天以后，占领彰化，台湾兵备道孔昭慈被杀。戴潮春自称“东王”，“南王”是林戆晟，此外还有“西王”与“北王”。下面的官职有“大国师”、“左右丞相”、“六部尚书”等等。

这个略仿太平天国建制，沐猴而冠，仿佛戏台出将入相的场面，由于东南战局正在紧要关头，朝廷只应粮道丁日健的力请，派了六百人去攻剿，因而得以维持一时。及至同治二年秋天，左宗棠收复浙江，已有把握，才派林文察回台，号召旧部，福建巡抚徐宗干，亦派久官台湾的丁日健领兵赴援，并授为台湾兵备道，督办全台军务。

于是到了十一月初，彰化收复，继攻下斗六，到了年底，戴潮春被擒于张厝庄、林戆晟败死于四块厝，局面可以算是稳定下来了。

不过肃清残余乱党，亦很费力，尤其是当李世贤占据漳州以后，戴潮春的余党准备接应会合，图谋再举。左宗棠深恐李世贤、汪海洋等人出海，正就是为此。

林文察见此光景，深感为难，一方面要防止死灰复燃，放不得手，另一方面以福建陆路提督为一省最高武官的地位，对于收复漳州、汀州等地，责无旁贷。仔细考虑下来，还是应该回福建，因为能够消灭李世贤，彰化的乱党便失去凭借与指望，不战而自溃。

打定主意，仓猝内渡，同船只带了两百亲兵。他与李世贤交过手不止一次，不敢轻敌，原意到了福建，先作部署，然后出击。哪知李世贤早有准备，在万松关设下埋伏，专等他入网。

而林文察则又改变了主意。因为他自感兵力孤单，一路收容了许多散兵游勇，杂凑成军，如果粮饷充裕、时间从容，而又有得力的帮手，当然可以将此辈渐渐练成劲旅，否则就只有利用他们急于追求出路，或者怀忿报仇的心理，淬厉士气，作背城借一之计。林文察老于兵事，默察情势，认为不得不速战速决，拖下去徒耗粮饷，且难部勒，将不战自溃。

本来左宗棠的檄令，是责成他“力保泉厦”，这是很难的任务，因为漳州以东，直到厦门、泉州，地势平衍，易攻难守，而况彼此兵力众寡悬殊。就方略讲，应该以攻为守，就利害关系来看，以少攻多，虽然吃力，但与其守而败，不如攻而败。因此，在十月初便由泉厦而进，在万松关上扎营。

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万松关又名万松岭，在漳州以东二十五里的凤凰山上，为由泉厦渡江入漳的孔道。扎营刚定，李世贤派一队人马来攻，用意在试探虚实，哪知副将惠寿不中用，竟让长毛踩了营盘。林文察迫不得已，退扎叫做玉洲的地方，隔了两天出队攻击，小胜而回。

就在这时候又接到左宗棠的札子，指示他“深沟高垒，勿浪战求胜，俟浙军到后，协力规复漳州。”林文察这时不能不听命了，驻营在万松岭上，静候援军，另由水师总兵曾玉明，在九龙江近海澄县地方的海口镇，结扎水营，以为掎角之势。

这样守到十月底，左宗棠还未进入福建境内，而先行出发的浙军，三路合围之势，将次形成。李世贤原来是在万松关以西设下埋伏，专候林文察入网，见他按兵不动，而浙军又已入闽，不能不急着打开一条出路，因而在十一月初三，发动突袭。

突袭是分水陆两路进行。袭击水营的长毛，皆以烟煤擦脸，有意扮成狰狞可怖的鬼相，同时亦用作为“自己人”的识别。曾玉明的水师，猝不及防，除了用炮艇上的小炮轰击以外，其余各营，都垮了下来。

在西面万松关上的林文察所部，本是越拖越坏的散兵游勇，听说后路被袭，未战先乱。副将惠寿、游击许忠标，压不住阵，只有溜之大吉，林文察却不肯逃，结果中枪阵亡。溃散下来的乱兵，勉强集结在九龙江东岸，算是保障泉州门户。

三月以后，左宗棠到了浦城，正式进入福建境界，预定就以此为行辕。行辕所收到的第一件战报，便是林文察兵败殉职。

这不是马到成功的征兆，左宗棠大为不悦。在他看林文察是挫了浙军的锐气，也伤了他的威名，虽非死有余辜，却是决不可原谅的。因而出奏时，便不肯专叙此事，只用一个“督师行抵浦城，现筹剿办情形”的案由，在折子中斥责林文察不听调度，致有此失，幸亏高连升一军已由福州赶到闽南，泉厦可保无虞。至于林文察的恤典，申明另案奏请，但可想而知的，恤典不会优厚。

不过局势很快地稳住了。左宗棠最担心的，就是李世贤向东南横窜入海，所以只要高连升一军，能自福州南下，及时拦堵，先挡得一阵，等苏军郭松林、杨鼎勋领兵航海而来，肃清腹地便有十足的把握了。

为此，左宗棠定下东守北攻西压的策略，最先收复闽南偏北的龙岩，接着会同粤军方耀所部，收复闽粤交界的永定。

这两场胜仗打下来，士气大振，指挥更加灵活，左宗棠开始“驱贼入粤”，首先是由毗连江西的汀洲、连城一带，将汪海洋部下的长毛，往南撵向与广东交界的武平、上杭一带。其时援闽苏军已陆续到达，与浙军高连升，黄少春所部，划分防区，而以进取漳州为目标，苏军守漳州之南，浙军守漳州之北。这一来，李世贤出海之路是彻底被阻断了。

到了四月中旬，浙苏各军由南北同时出击，会攻漳州，到了四月廿一，漳州克复，可是李世贤却开西门而走，与汪海洋会合在一起，成为“困兽”了。

当时的形势是东南方面泉、厦、漳沿海一带，兵力最厚，西北永定有七千余人防守，东北的漏洞，亦已及时防补，唯有西面最弱，左宗棠几乎毫无布置。

西面就是广东的大埔、饶平一带，虽有粤军方耀防守，可是绝非李世贤、汪海洋的对手，是谁都看得出来的。然则，左宗棠之意何居？明眼人自然看得出来。

这个明眼人是远在京城里的军机章京领班许庚身，在五月十二那天，看到发下来的一个奏折，大为诧异，这个奏折是李鸿章所上，作用是在表功，所以案由是“援闽苏军，会合浙军分路进逼，于四月二十一日克复漳州府城”，奏报进攻情形中，有一句话说：“侍逆李世贤潜开西门而遁。”这与同时收到左宗棠的战报，情况不符。

左宗棠的奏折，案由是“进逼漳西大捷，现筹办理情形”，并未提到漳州克复，更未谈到李世贤由漳州西门而遁，只说“李逆世贤经官军迭次击败，势日穷蹙，图由漳北小路绕犯安溪，以抄官军后路。其计未成，又图勾结同安土匪，内讧滋事，经郭松林抽带所部两营驰赴同安，会同道员曾宪德将西塘、上宅、浒井各乡匪巢洗荡。”